厭氧反應器中有時會產(chǎn)生大量泡沫，泡沫呈半液半固狀，嚴重時可充滿氣相空間并帶入沼氣管道，導致沼氣系統(tǒng)的運行困難。
　　產(chǎn)生泡沫的主要原因是厭氧系統(tǒng)運行不穩(wěn)定，因為泡沫主要是由于CO2產(chǎn)量太大形成的，當反應器內(nèi)溫度波動或負荷發(fā)生突變等情況發(fā)生時，均可導致系統(tǒng)運行的不穩(wěn)定和CO2的產(chǎn)量增加，進而導致泡沫的產(chǎn)生。如果將運行不穩(wěn)定因素及時排除，泡沫現(xiàn)象一般也會隨之消失。在厭氧污泥培養(yǎng)初期，由于CO2產(chǎn)量大而甲烷產(chǎn)量少，也會出現(xiàn)泡沫，隨著甲烷菌的培養(yǎng)成熟，CO2產(chǎn)量減少，泡沫一般也會逐漸消失。進水中含有蛋白質(zhì)是產(chǎn)生泡沫的一個原因，而微生物本身新陳代謝過程中產(chǎn)生的一些中間產(chǎn)物也會降低水的表面張力而生成氣泡。厭氧生物處理過程中大量產(chǎn)氣會產(chǎn)生類似好氧處理的曝氣作用而形成氣泡問題，負荷突然升高所帶來的產(chǎn)氣量突然增加也可能出現(xiàn)泡沫問題。
　　碳酸鈣（CaCO3）沉淀：處理廢水鈣含量高或利用石灰補充堿度，都會增加產(chǎn)生碳酸鈣沉淀的可能性。高濃度的碳酸氫鹽和磷酸鹽都有利于鈣的沉淀。
　　鳥糞石（MgNH4PO4）沉淀：進水中含有較高濃度的溶解性正磷酸鹽、氨氮和 鎂離子時，就會生成鳥糞石沉淀。厭氧處理系統(tǒng)鳥糞石沉淀主要在管道彎頭、水泵入口和二沉池進出口等處出現(xiàn)。